Die konkrete Durchführung der Reformation in Hamburg nimmt Johannes Bugenhagen in die Hand. Noch 1524 hatte der Rat seinen Amtsantritt als Pastor an St. Nikolai verhindert. Im Herbst 1528 ist er auf einmal hochwillkommen, er bleibt zwar nur ein halbes Jahr, leistet aber enorm viel: schreibt eine neue Kirchenordnung, reformiert das Armenwesen, gründet das Johanneum und sorgt mit seinen genau durchdachten Reformprojekten dafür, dass das Verhältnis von Bürger, Bürgerschaft, Rat und Kirche auf eine völlig neue Grundlage gestellt wird. Am 15. Mai 1529 nehmen Rat und Bürgerschaft Bugenhagens Kirchenordnung an, damit ist die Reformation in Hamburg vollzogen. Rat und Bürgerschaft hatten sich drei Monate zuvor bereits in dem sogenannten „Langen Rezeß" über die Kompetenzen der Stadtregierung und die Regelung der Finanzen geeinigt.
Zwar polemisiert mancher Pastor von der Kanzel gegen die Altgläubigen und auch gegen Andersdenkende in den eigenen Reihen, doch bleibt es bei Worten und der Übergang vom katholischen zum lutherischen Glauben vollzieht sich in friedlichen Bahnen. Dass die Hamburger hier Format zeigen, trägt ihnen Lob von allerhöchster Stelle ein. 1537 schreibt Luthers engster Mitarbeiter Philipp Melanchthon, der intellektuelle Kopf der Reformation:
„In diesen bewegten Zeiten war in jener Gegend keine Stadt ruhiger, weil die Besonnenheit ihrer Bürger einzigartig ist.“